当前，严重影响禽类生产的呼吸道疾病主要有非典型鸡新城疫、禽流感、传染性喉气管炎、大肠杆菌病以及支原体病等。这些疾病发生时，往往不是单一发生，而以多病原混合感染形式出现，给疾病的诊断与防治带来了极大的麻烦，并造成严重的经济损失。因此，对上述疾病做出正确的鉴别诊断并采取适当的防治措施是很有必要的。
非典型新城疫
非典型鸡新城疫主要发生于已经做了鸡新城疫免疫但抗体水平不高或不均衡的鸡群，有新城疫母源抗体的雏鸡群和常有本病发生而饲养管理水平较差的鸡场。该病一年四季均可发生，在冬、春季最常见，临床症状和病理变化差异很大。
临床常见以呼吸道症状为主，病鸡呼吸困难，张口伸颈，发出“咕噜”声；产蛋鸡产蛋量下降，蛋品质下降，种蛋孵化率下降；有些病鸡排出黄绿色粪便，常有零星死亡；有些病程长的病鸡有歪头、扭颈、角弓反张等神经症状。鸡群精神状况不佳、生长发育迟滞。病变主要是喉头、气管充血、出血，粘液增多，少量病鸡的腺胃粘膜、乳头有少量出血点以及肌胃角质膜下有出血斑。小肠呈卡他性炎症，有时肠粘膜出血，盲肠扁桃体肿胀、出血，泄殖腔粘膜充血、出血，但这些典型的病变较为少见，一般呈非典型病变。
以弱毒疫苗(如新—支二联弱毒苗等)进行基础免疫后再用油乳剂灭活疫苗进行加强免疫可获得较好的免疫效果，但要根据本场实际制订合理的免疫程序并且切实加强饲养管理。
大肠杆菌病
本病主要发生在集约化养禽场，各种禽类不分品种、性别、日龄均对本菌易感。特别是幼龄禽类发病最多，如处于污秽、拥挤、潮湿、通风不良的环境，过冷过热或温差很大，有毒有害气体长期存在，饲养管理失调，营养不良(特别是维生素的缺乏)以及病原微生物(如支原体及病毒)感染所造成的应激等均可促使本病的发生。
临床常见症状有：
鸡胚和雏鸡早期死亡
该病型主要通过垂直传染，病雏突然死亡或表现软弱、发抖、昏睡、腹胀、畏寒聚堆、下痢(白色或黄绿色)，个别有神经症状。
急性败血症
本病常引起幼雏或成禽急性死亡。特征性病变是肝脏呈绿色和胸肌充血，肝脏边缘钝圆，外有纤维素性白色包膜。
气囊病
气囊病主要发生于3-12周龄幼禽，特别3-8周龄肉仔鸡及肉鸭最为多见。
心包炎
大肠杆菌发生败血症时发生心包炎。心包炎常伴发心肌炎。心外膜水肿，心包囊内充满淡黄色纤维素性渗出物，心包粘连。
防治本病，首先要科学饲养管理，禽舍温度、湿度、密度、光照、饲料和管理均应按规定要求进行。
其次加强消毒工作，种蛋、孵化厅及禽舍内外环境要搞好清洁卫生，并按消毒程序进行消毒，以降低种蛋和雏鸡感染大肠杆菌的几率，避免污染孵化室；防止水源和饲料污染，饮水中应加消毒剂，如含氯或含碘等消毒剂；采用乳头饮水器饮水，水槽料槽每天应清洗消毒；灭鼠、驱虫。
第三，要提高禽体免疫力和抗病力，疫苗免疫可采用自家(或优势菌株)多价灭活佐剂苗。
搞好其它常见病毒病的免疫：如ND、IB、IBD、MD、AI等。
低致病力禽流感
禽流感是由禽流感病毒感染而引起的以呼吸道和消化道功能障碍为主的疾病或疾病综合症。由于受毒株毒力、禽只敏感性、并发症及饲养管理等诸多因素的影响，禽流感的症状、病变以及发病率和死亡率有很大差异。尽管H9N2亚型禽流感病毒是低致病力毒株，本身并不一定造成鸡群的大规模死亡，但它感染后往往造成鸡群的免疫力下降，对各种病原的抵抗力降低，常常发生继发感染，因而对养鸡业的危害也很严重。
病鸡眼睛红肿、流泪、分泌物增多，慢性感染的往往造成单侧眼睛失明，头和脸部水肿，冠和肉髯肿胀、边缘有紫黑色坏死点，咳嗽、打喷嚏等。
剖检皮下胶样浸润，颈部皮下、冠、肉髯和眼睑浮肿，喉头、气管充血、出血；腺胃粘膜及乳头出血，肌胃角质膜下出血；胰腺有坏死斑点，典型的腹膜炎，有大量干酪样渗出物；卵巢、输卵管、卵子充血、出血，泄殖腔充血、出血、坏死。这些症状和病变中任何一种都有可能单独或以不同的组合出现。
怀疑禽流感、新城疫混合感染时，要注意的是不能紧急接种新城疫Ⅰ系疫苗，因为禽流感感染时紧急接种新城疫Ⅰ系疫苗，往往会造成鸡群的大面积死亡。此时应接种Ⅳ系疫苗，并在饲料或饮水中添加治疗禽流感的药物，同时接种禽流感灭活疫苗。
做好对一般病毒性传染病的常规预防措施，尤其注意对进入鸡场的车辆及物品的彻底消毒工作，防止禽流感病毒进入鸡场内。坚持在鸡舍内进行定期的常规消毒，在疾病的流行季节，必须做到每天一次。推荐的消毒药物：氢氧化钠、二氯异氰尿酸钠、碘制剂和福尔马林等。切实做好对鸡新城疫、传染性喉气管炎、传染性支气管炎等呼吸道病的免疫工作，有助于提高鸡群对禽流感的抵抗力。在饲料或饮水中添加病毒唑、禽泰克等抗病毒药物，可在一定程度上避免鸡群感染禽流感，在疾病较易流行的冬、春季节，每周投放1～3天，其它季节酌减或不必使用。
对有呼吸道或临床疑为禽流感的病鸡(仅有呼吸道病状，死亡率无明显上升)注射青霉素和链霉素可以有效地减轻疾病的症状和死亡损失。对鸡群接种禽流感灭活油乳剂疫苗，能有效地预防禽流感的暴发。建议的免疫程序：肉鸡10～15日龄免疫一次，每只肌肉注射0.3毫升；种鸡及蛋鸡一般可在10～15日龄免疫一次，每只肌肉注射0.3毫升，开产前约一个月再进行二免，每只肌肉注射0.5毫升。如有必要，可在70日龄前后及42～46周龄之间各再免疫一次。
非典型新城疫、禽流感、 传染性喉气管炎的鉴别诊断
非典型鸡新城疫、低致病力禽流感、传染性喉气管炎在临床上的共同点是均有典型的呼吸道症状如咳嗽、打喷嚏、罗音、张口伸颈呼吸等，剖检均可见喉头、气管充血出血。非典型鸡新城疫、低致病力禽流感则都有部分病死鸡的肌胃、腺胃粘膜出血。
不同点主要表现在：非典型鸡新城疫一般没有眼睛红肿、流泪、分泌物增多，眼睛失明，胰腺出血坏死；低致病力禽流感则独有胰腺的出血、坏死以及部分鸡跖部磷片出血；而传染性喉气管炎除了呼吸道病变外，一般没有肌胃、腺胃粘膜出血及胰腺坏死等消化道的病变。