一般来说，如果种蛋入孵前不进行消毒，不但影响孵化效果，而且还会将白痢、伤寒和支原体等疾病传染给禽雏。因此，种蛋入孵前必须进行严格的消毒。下面介绍三种方法：
新洁而灭此药具有较强的除污和消毒作用，可凝固蛋白质和破坏病菌体的代谢过程，从而达到消毒灭菌的目的。种蛋消毒时，可用5%的新洁而灭原液，加50倍的水配制成0.1%浓度的溶液，用喷雾器喷洒种蛋表皮即可。
漂白粉液将种蛋浸入含有活性氯1.5%的漂白粉溶液中3分钟，取出沥干后即可装盘。值得注意的是此种消毒方法必须在通风处进行。
碘液将种蛋置于0.1%的碘溶液中浸泡30～60秒，取出后沥干装盘。碘溶液的配制方法是：碘片10克和碘化钾15克同溶于1000毫升的水中，然后倒入9000毫升的清水中即可。浸泡种蛋10次后，溶液中的碘浓度渐低，如需再用，可将浸泡时间延长至90秒，或添加部分新配制的碘溶液。