１微生物的敏感性 不同的病原微生物，对消毒药的敏感性差异很大。例如病毒对甲醛很敏感，而对酚类的抵抗力却很强。大多数的消毒药对细菌有作用，但对细菌的芽孢和病毒的作用很小。因此，在消灭传染病时应考虑病原的特点，有针对性地合理选用消毒药。
2.环境中的有机物质 当环境中存在大量的有机物（如畜禽的粪、尿、炎性渗出物等）时，由于这些有机物往往能中和和吸附部分药物，并阻碍消毒药直接与病原微生物接触，从而影响消毒药效力的发挥。因此，在消毒药物使用前，应进行充分的机械性清扫，消除消毒物品表面的有机物。
3.消毒药的浓度 一般来说，消毒药的浓度越高，杀菌力也就越强。但随着药物浓度的增高，对活组织的毒性也就相应地增大了，而且当药物浓度达到一定程度后，消毒药的效力也不再提高。因此，在使用消毒药时应选择有效和安全的杀菌浓度，例如使用70%的酒精要比95%的酒精杀菌效果好。
4.消毒药的温度 消毒药的杀菌力与温度成正比，温度增高，杀菌力增强。因而消毒药在夏季使用时消毒作用比冬季要强。
5.药物作用的时间 一般情况下，消毒药的效力与作用时间成正比，与病原微生物接触并作用的时间越长，其消毒效果就越好。作用时间若太短，往往达不到消毒的效果。