1、 种蛋的包装
包装种蛋最好用特制的蛋托和纸箱。蛋托为边长29厘米的正方形，蛋托上有30个凹陷窝，每窝内放一个种蛋，每个蛋托可装30个种蛋。常用的纸箱有两种：一种长60厘米，宽31厘米，高37厘米，箱子横向放置，左右可放两个蛋托为一层，装蛋60个，整箱可装6层，共装蛋360个；第二种纸箱长度和宽度与第一种相同，高度为34厘米，故少装一层蛋，容蛋300个。
装蛋时要轻、快、稳，大头朝上。破蛋、裂纹蛋、沙皮蛋、钢皮蛋和畸形蛋一律剔除。第一层装好后，再装第二层，以此类推。装满后在最后一层种蛋上面扣上一层空蛋托，再盖上箱盖，用包装带打好包装（或用塑料带、绳子等捆好）。这样包装可保护种蛋，避免因压挤或磕碰而破裂。
装箱时要注意，蛋托的方位不能放错。如果第一层蛋托横向是5个蛋时，第二层蛋托横向应是6个，这样叠放时第一层蛋托上面突起部分和第二层蛋托向下的突起部分正好相对，而下层蛋托的凹陷部分也正对上层蛋托向上的凹陷部分，这样恰巧给 种蛋造成一个空间，使种蛋不受压挤，也不易破损。箱上应标明“种蛋”、“不要倒置”、“易碎品”、“防雨”、“防震”等标志，并有种鸡场的名称、许可证编号等内容。
2 、种蛋的运输
运输种蛋时要求平稳、快速。如果路途较远，最好空运和航运，也可用火车。如果用汽车或拖拉机或马车运输，要尽量减少颠簸，以防震破种蛋伤及胚胎。夏日谨防日晒雨淋，冬季要防冻。尤其是严冬和酷暑，应尽快赶到目的地，中途最好不要住宿。如果有条件可用空调车，使温度保持在18℃左右，相对湿度保持在70%左右。种蛋到达目的地后，应放置预热室预热，剔除破蛋及不合格的种蛋，码盘、消毒、入孵。如果不入孵，可按规定保存。
3 、种蛋的选择
(1)种蛋来源
入孵的种蛋必须是来自饲料营养全价、管理良好、生产性能高、无垂直传播疾病、受精率85%以上的种鸡群。另外，肉种鸡240日龄之前、400日龄后所产种蛋，应严加选择。
(2)种蛋的外观
种蛋颜色必须符合本品系的要求，蛋壳表面应新鲜干净，不应有粪便、破蛋液、血块等污物，若有轻度污染可认真洗涤、消毒。蛋壳上不能有裂缝和裂纹。
蛋重因品种不同而异。一般认为蛋种鸡所产种蛋蛋重50～65克为宜，在65克以上或49克以下，孵化率都低；而肉种鸡所产种蛋蛋重应为52～68克。重量适中的种蛋，其孵化率高，雏鸡均匀度好，体质优良，生长快，成活率也高。
蛋形以卵圆形最好，即大头钝圆，小头钝尖，蛋形指数（即蛋的短径与长径之比）0.72～0.75，以0.74最好。过长、过圆、腰凸的种蛋对胚胎生长发育和雏鸡出壳不利，均应剔除。
正常的蛋壳厚度0.33～0.35mm，不能小于0.27mm。蛋壳密度在1.080孵化效果最好。生产中可通过外观观察和透视观察来确定蛋壳的厚薄。
(3)听音和手摸验蛋
两手各拿三个蛋，转动五指，使蛋与蛋互相轻轻碰撞，听其声音。破蛋可听到破裂声，完好无损的种蛋声音清脆，钢皮蛋的声音似尖铃声。
新蛋的壳膜表面有一层胶质保护膜，用手摸时有“挂霜”的感觉。
(4)剖视验蛋
将种蛋打破于衬有黑纸的玻璃板上或平皿中，观察是否有肉斑、血斑及蛋的新鲜程度。新鲜的优质种蛋蛋白浓厚，蛋黄浓度高，黏稠，经搅拌后蛋黄、蛋白不易散。如果种蛋蛋白稀薄如水，蛋黄扁平而一动即散，则不能入孵。双黄蛋多出畸形雏，雏鸡不能破壳而出，故也应剔除。
生产中的剖检检查用肉眼观察即可。育种用的种蛋则必须用蛋白高度测定仪来测定。
(5)透视验蛋
在入孵前可用验蛋灯透视种蛋，在光束下观察蛋壳内气室大小和位置，蛋内是否有肉斑、血块，蛋壳上是否有裂纹等。
正常、新鲜的种蛋，气室应位于蛋大头顶端，大约有一分硬币大小。蛋黄呈红色或暗红色。气室大、壳上有裂缝、裂纹、蛋黄颜色不正、蛋黄少、蛋黄稀淡、蛋黄上浮、蛋黄沉散、蛋黄位于蛋的一侧、蛋内有血班、肉斑等，这些类型的种蛋均不宜入孵。
4 、种蛋的保存
保存种蛋一般是大头朝上，适宜温度13～18℃（如保存时间短时可采用上限，保存时间长时则应采用下限），相对湿度75%～80%。一般认为种蛋保存一周之内，不必转蛋；超过一周，每天转蛋一次；超过两周以上，每天转蛋1～2次。贮存时间越长，越要注意转蛋。
另外，保存时间越长，孵化率越低，且出雏参差不齐，出雏时间落后，多出病弱残雏。因此应尽量缩短保存时间。
5 、种蛋消毒的方法
(1)每立方米空间用福尔马林42毫升，加21克高锰酸钾，在温度20～26℃、相对湿度75%～80%的条件下密闭熏蒸20分钟，可杀死蛋壳上95%～98%的病原微生物。也可不加高锰酸钾，只把福尔马林按上述量倒入搪瓷盆中加热熏蒸，同样能达到消毒的目的。
(2)把种蛋放在15%的甲醛溶液中浸泡2～3分钟，晾干即可。
(3)万分之一的高锰酸钾溶液，液温40℃时将种蛋浸泡1～2分钟即可。
另外也可用碘溶液消毒法和紫外线消毒法。
熏蒸消毒应注意：
使用的消毒容器容积应为福尔马林体积的10倍以上。
熏蒸消毒的操作顺序应先加高锰酸钾再加水，最后倒入福尔马林。
消毒应避开24～96小时的胚蛋，否则对胚胎产生不利的影响。
在寒冷的季节如所入孵的种蛋蛋温和室温相差悬殊，蛋面上会凝成很多水珠，需待水珠晾干后方可消毒。